In 1473 wordt Karel de Stoute van Bourgondië hertog van Gelre. Als hij in 1477 sterft streven de Gelderse staten opnieuw naar zelfstandigheid. Hertog Adolf van Gelre wordt door de opvolger van Karel de Stoute vrijgelaten maar sterft kort daarop. Dit versterkt de wens van de Staten van Gelre om zelfstandig te worden.
De macht van de erfgenaam van Karel de Stoute, Maria van Bourgondië, wordt door de Gelderse Staten niet erkend. Zij erkennen formeel wel de macht van haar man Maximiliaan maar in de praktijk is zijn macht beperkt.
De Gelderse staten kopen in 1492 Karel van Egmond vrij uit Frans krijgsgevangenschap. Hij streeft naar keizerlijke erkenning van zijn positie als hertog van Gelre. De Habsburgers willen hem echter geen erfelijk hertogdom aanbieden. Het Gelderse grondgebied en de titel zijn nu in Habsburgse handen en de enige manier voor Karel om hieraan iets te veranderen is deelnemen aan het grote Europese conflict tussen de Habsburgers en de Franse koningen.
In 1528 sluit hertog Karel van Egmond het verdrag van Gorkum, hiermee wordt vastgesteld dat de Habsburgers hem zullen opvolgen. Dit zorgt voor enkele jaren vrede. De hertog belooft de opvolging later ook nog aan de Franse koning. De staten van Gelre willen echter dynastieke continuïteit en geven de voorkeur aan de hertog van Lotharingen, een neef van hertog Karel van Egmond.
Doordat de Habsburgers het sticht Utrecht overnemen, neemt de Habsburgse dreiging toe. De Gelderse staten zoeken hulp van een machtige vorst en komen uit bij de hertog van Kleef, Mark, Gulik en Berg. In overleg met hertog Karel worden onderhandelingen gestart om Willem van Kleef tot opvolger te benoemen. In 1538, na het overlijden van hertog Karel, wordt Willem van Kleef hertog Willem II van Gelre. Hij erkent dan de politieke invloed van de staten.
De Habsburgers blijven echter vasthouden aan hun erfrechten. In 1543 leidt dit uiteindelijk tot oorlog. In het Verdrag van Venlo, op 7 september 1543, moet hertog Willem Gelre afstaan aan de Habsburgse keizer Karel V. Gelre verliest dan haar zelfstandigheid. De staten hadden de keizer net voor die tijd erkend als hertog van Gelre. Karel V erkent opnieuw de rechten van de staten en geeft hen daarnaast het recht om zelf vergaderingen bijeen te roepen.